De romerske katakomber, der går tilbage til det 2. århundrede, er et stort netværk af underjordiske gravsteder, der strækker sig over 600 kilometer under byen. De blev oprindeligt udhugget af etruskerne til minedrift, men blev senere genbrugt af jødiske og tidlige kristne samfund som kirkegårde, da romerske love forbød begravelse inden for byens vægge. Kristne foretrak begravelse frem for kremering, fordi de troede på en kropslig opstandelse. Disse katakomber fungerede også som hemmelige mødesteder under forfølgelsen, med fresker og inskriptioner, der afslører tidlige kristne symboler. Bemærkelsesværdige steder som San Callisto og San Sebastiano huser grave for paver og martyrer. I dag er fem katakomber åbne for offentligheden og giver et indblik i de tidlige kristnes åndelige og kunstneriske arv.