Det første Pantheon, eller Agrippas versjon som ble bygget i år 27 e.Kr. Tempelet hadde en hedensk innretning, og ble også brukt til å guddommeliggjøre Romas hersker. Etter at flere branner ødela bygningen, ble den gjenoppbygd av Keiser Hadrian mellom 118-125 e.Kr. Hadrians Pantheon er det vi ser i dag, komplett med korintiske søyler, rotunde og kuppel.
I 607 e.Kr. ble Pantheon omsider den kirken som fortsatt er åpen for tilbedelse. Pave Bonifatius IV innviet Pantheon som Maria og martyrenes kirke. De påståtte onde åndene som holdt til i Pantheon, skal ha flyktet gjennom oculus etter denne endringen i den religiøse ordenen.
Fra å være et tempel, til et kongelig hoff og nå en kirke, har Pantheon i Roma fått ulike identiteter og utviklet seg gjennom to årtusener.