Katakombene i Sankt Agnes | Hvileplass for den jomfruelige martyren

Dette er den eldste delen av katakomben, som kan dateres tilbake til 300-tallet. Den ligger under Via di Sant'Agnese og var en del av den pre-konstantinske epoken. Til tross for fraværet av betydelige Malerier, er dette området rikt på epigrafiske bevis som gir verdifull innsikt i de tidlige kristnes gravskikker og praksis.

Dette området begynte å utvikle seg på 400-tallet, men det led betydelig skade på grunn av relikviejegere. Effektene av disse ulovlige aktivitetene er tydelige i regionens endrede topografi og tapet av potensielle historiske kunstprodukter.

Dette er det største området i hele hypogeumkomplekset, og kan dateres tilbake til 400-tallet. Den strekker seg hovedsakelig under klosteret i tilknytning til basilikaen og Via Nomentana. Denne regionen var en gang i tiden forbundet med det nærliggende Coemeterium Maius. Regionen ble funnet relativt intakt av Armellini, den første som gravde den ut, på grunn av et lag med silt som bevarte den fra gravemaskinene. I dag er mange kunstprodukter som er oppdaget i denne regionen, utstilt i Vatikanmuseene.

Region IV ligger mellom den nåværende basilikaen og ruinene av Konstantins basilika. Denne regionen utviklet seg etter at keiser Konstantin bygde sin basilika, noe som førte til ødeleggelsen av den hedenske nekropolen over katakomben. Interessant nok ble mange plater med inskripsjoner fra den hedenske kirkegården brukt til å bygge trappene som gir tilgang til den fjerde regionen, og dermed er de bevart den dag i dag. Denne regionen har den eldste daterte inskripsjonen i hele Katakomben - et epitafium fra 314 e.Kr. tilegnet en mann ved navn Sisinnius.