Katakomberne i Sankt Agnes | Hvileplads for den jomfruelige martyr

Dette er den ældste del af katakomben, som stammer fra det 3. århundrede. Den ligger under Via di Sant'Agnese og var en del af den præ-konstantinske epoke. På trods af fraværet af malerier af betydning er dette område rigt på epigrafiske beviser, der giver værdifuld indsigt i de tidlige kristnes begravelsesskikke og -praksis.

Dette område begyndte at udvikle sig i det 4. århundrede, men det led betydelig skade på grund af relikviejægere. Virkningerne af disse ulovlige aktiviteter er tydelige i regionens ændrede topografi og tabet af potentielle historiske artefakter.

Dette er den største region i hele hypogeumkomplekset, som dateres tilbage til det 4. århundrede. Det strækker sig hovedsageligt under klosteret i forbindelse med basilikaen og Via Nomentana. Denne region var engang forbundet med det nærliggende Coemeterium Maius. Regionen blev fundet relativt intakt af Armellini, der var den første til at udgrave den, på grund af et lag silt, der bevarede den fra gravemaskinerne. I dag udstilles mange artefakter, der er fundet i denne region, i Vatikanmuseerne.

Region IV ligger mellem den nuværende basilika og ruinerne af Konstantins basilika. Denne region udviklede sig, efter at kejser Konstantin byggede sin basilika, hvilket førte til ødelæggelsen af den hedenske nekropolis over katakomben. Interessant nok blev mange plader med inskriptioner fra den hedenske kirkegård brugt til at bygge trapperne, der giver adgang til den fjerde region, hvorved de blev bevaret til i dag. Denne region har den ældste daterede inskription i hele katakomben - et epitafium fra 314 e.Kr. dedikeret til en mand ved navn Sisinnius.