Région III
Il s'agit de la plus grande région de l'ensemble de l'hypogée, datant du IVe siècle. Il s'étend principalement sous le monastère associé à la basilique et à la Via Nomentana. Notamment, cette région était autrefois reliée au Coemeterium Maius, situé à proximité. La région a été retrouvée relativement intacte par Armellini, le premier à la fouiller, grâce à une couche de limon qui l'a préservée des fouilleurs. Aujourd'hui, de nombreux objets découverts dans cette région sont exposés dans les Musées du Vatican.